Mediante una barrera geográfica (por ejemplo, una nueva cadena montañosa, continentes que se separan por deriva continental, una corriente de agua dulce que separa regiones costeras marinas). Las dos poblaciones se desarrollan separadamente, y dado que es probable que estén sometidas a ambientes diferentes evolucionan por caminos diferentes. Estas diferencias pueden ser tales que los individuos de una de las poblaciones no puedan aparearse ni tener descendencia con los de la otra. Una vez alcanzado este punto se considera que se ha formado una nueva especie.
Durante mucho tiempo se consideró este esquema como el mecanismo de especiación más importante. En la actualidad se lo considera menos frecuente que los muchos mecanismos de especiación simpátrica (formación de especies sin aislamiento geográfico).
El elefante africano, por ejemplo ha sido siempre visto como una sola especie. Debido a diferencias morfológicas y de ADN algunos científicos clasifican a los elefantes dentro de tres subespecies. Investigadores de la Universidad de California (UCSD) han argumentado que la divergencia debida al aislamiento geográfico ha ido más allá, y que los elefantes de África Occidental deberían ser consideradas como especies separadas de los de sabana de África Central, del este y del sur, o de los elefantes de bosques de África central.3
Otros casos apuntados de dos poblaciones muy distintas morfológicamente, y nativas de diferentes continentes, han sido clasificadas como especies diferentes; pero cuando miembros de una especie se introducen dentro del área de distribución de la otra, puede cruzarse, mostrando que en realidad son solo subespecies geográficamente aisladas.4 Este es el caso del ánade real (Anas platyrhynchos); cuando fue introducido en Nueva Zelanda se cruzó libremente con la especie nativa Anas superciliosa, que había sido clasificada como una especie separada; y sigue la controversia sobre si su estatus específico debe cambiarse.
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